Мұражайында 5 бөлім және кітапхана жұмыс атқарады.
Қор бөлімі
Бөлімнің негізгі бағыттары - түскен заттарды тіркеу, мұражай жәдігерлері мен коллекцияларын есепке алу, олардың қалыпты сақталуын қамтамасыз ету, тұрғылықты жерін қарастыру, құрамындағы өзгерістері және сақталуын бақылау, ғылыми зерттелуі мен тиімді пайдалануын ұйымдастыру. Қор сақтау бөлімінің негізгі жұмыс бағыты Қазақстан Республикасы Мәдениет және Спорт Министрлігінің Мәдениет комитетінің «Мұражай құндылықтарын есепке алу және сақтау тәртібі, мұражай қорының мұражай заттары мен мұражай коллекциясын жинақтау, есеп жүргізу, сақтау, реставрациялау және пайдалануды ұйымдастыру туралы» нұсқаулықты негізге ала отырып жүзеге асырылады.
Бүгінде мұражай қорында 93 000-нан астам жәдігерлер жинақталған. Жәдігерлер жасалған материалына және мәндік орнына байланысты бірнеше коллекцияларға бөлінеді: табиғат (палеонтология, геология, флора, фауна), металл, фото-құжаттар, ерекше қор сақтау, қару-жарақтар, ағаш бұйымдары, археология, киіз үйлер, газеттер (1920-1965), жүн-мақта бұйымдары. Қор сақтау бөлімінде жәдігерлер жасалған материалдарына қарай белгілі бір жүйемен орналастырылған.
Мұражай қорына жинақталған заттар міндетті түрде түбегейлі зерттеуден өткізіледі. Мұражай қорында жәдігерлерді және олардың құжаттарын дұрыс сақтау үшін жағдай орнымен қарастырылып, ойластырылған.
Тоқыма (текстиль) қоры шкафтарда, сөре-тартпаларда жеке-жеке орналастырылған
«Металл бұйымдар» жәдігерлерін сақтау бөлмесінде жәдігерлерді тиімді орналастыру, яғни түсім кітабына сәйкес олардың аталуы ескеріле отырып, хронологиялық жүйеленуі жүзеге асырылады.
Есепке алу жұмыстарына қажетті құжаттар арнай жасалған каталог жәшіктерінде, кітап шкафтарында сақталады
Сонымен қатар, мүсіндер коллекциясы арнайы сөрелерге жайғастырылып, оларды шаң-тозаңнан сақталуын қамтамасыз ететін сұрып матадан тігілген қаптамалар кигізілді.
Оңтүстік Қазақстан облысы мәдениет басқармасының бұйрығына сәйкес «Облыс мұражайларындағы мәдени құнды жәдігерлер реестрін» құнды жәдігерлердің ғылыми түгенделу сатылары мен сақталу сапасына жеке назар аударылып, жоғарыда аталған нұсқаулықта көрсетілген ережелерге сәйкестендірілді. Нәтижесінде реестрге енгізілген жәдігерлердің (зергерлік бұйымдар, қару-жарақтар, самаурындар, археологиялық жәдігерлер, киімдер, кілемдер, аяққап-қоржындар, картиналар т.т.) түрлі-түсті суреттерімен қоса электронды тасмалдауыш нұсқалары жасалды.
Бағалы металдардан жасалған жәдігерлері «Ұлттық экспертиза және сертификаттау орталығы «Сынама палатасының» сараптамасынан өткізіліп тұрады. Бүгінгі күні мұражай қорындағы 1420 бағалы металдардан жасалған жәдігерлері сынамадан өткізілді.
«Мәдени құндылықтарды сақтау жөніндегі нұсқауға» сәйкес жәдігерлердің сақталуын қамтамасыз ететін тәртіптерін ұстануда қор сақтау бөлмелері мен мұражай экспозицияларына температуралық–ылғалдылық мөлшерін қадағалайтын «Гигрометр – психрометрический ВИД -2» қондырғысы орнатылған, ал биологиялық тәртіпті үнемі ұстап тұру үшін барлық экспонаттар мен жәдігерлер тоқсан сайын дезинфекциялық зарарсыздандырудан өткізіледі. Жаз айларында жәдігерлерді ауада жайып-кептіру, тазалау іс–шаралары жүзеге асырылады.
Экскурсиялық қызмет көрсету бөлімі
Ақпараттандыру секторы
Бөлімнің негізгі қызметтері - экскурсиялық бағдарламаларды жасау, мұражай экспозициясының тақырыптары бойынша әдістемелік құжаттарды дайындап, экскурсияларды, лекцияларды, жылжымалы көрмелерді және кешенді шараларды ұйымдастырып өткізу.
Бөлім қызметкерлері қала мен облыстың оқу орындарымен, туристік және басқа да мекемелермен қатынастарды нығайтып, мұражай экспозицияларына, көрмелеріне, экскурсия мен лекцияларға, іс-шараларға келушілерді тартады. Өлке тарихына, мұражайдың жұмыстарына байланысты бұқаралық ақпарат құралдары арқылы хабарламалар беріп, насихаттайды.
Музейдің мәдени–көпшілік жұмыстары қоғамда белсенді, эстетикалық талғамы зор, қоғамға пайдалы адам тәрбиелеуге ұмтылуға бағытталған. Тақырыптық кездесулер, конкурстар, викториналар сияқты жұмыс түрлері қолданылады. Күнделікті жұмыста музейге келушілер саны, өткен шаралар саны (сапасы да), әрбір мұражай қызметкерлерінің жұмыс көлемі мен мөлшері есепке алынады және барлық деректер талданып отырады.
Қоғамдық, мектеп мұражайлар үшін әр түрлі тақырыптарда іс-тәжірибе алмасу бағытындағы семинарлар, әдістемелік негізде дөңгелек үстелдер мерзімді өткізіп тұрады. Облыстық мәдениет басқармасына, жыл бойына мұражай бөлімдері мен филиалдарының жоспарға сай атқарған жұмыстары жөнінде апталық, айлық тоқсандық, есептерін уақытында беріп отыру бөлім жұмысының міндеті.
Бөлімнің негізгі міндеттері мұражайдын экспозициясына, көрмесіне келушілерді тарту; экскурсия бағдарламаларын жетілдіру мен ұйымдастыру және әдістемелік құжаттандыру; экскурсиялар, кеңестер, дәрістер, бұқаралық мерекелік шаралар ұйымдастыру; жарнамалық-хабарландыру жұмысын жүргізу, көрмелер, вернисаж, тұсаукесер өткізуге БАҚ-ты қатыстыру; мұражайлық аудиторияны зерттеу; мәдени мерекелік іс-шаралардың тұрақты жоспарын жасау.
Археология бөлімі
Бөлім қызметкелерінің негізгі қызметі – археология саласында ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізу. Бөлімде археология саласында тәжірибесі мол қызметкелері жұмыс атқарады.
Облысымызда жүргізілетін қазба жұмыстарына белсене қатысады. Мұражайдың археологиялық экспедициясы көптеген жылдар облысымыздың ескерткіштерінде өз зерттеу жұмыстарын жүргізеді. 2004 жылдан бүгінгі күнге дейін Мемлекеттік «Мәдени мұра» бағдарламасы аясында облысымызда Ә.Х.Марғұлан атындағы археология институты жүргізетін Түркістан, Сауран, Сидақ ортағасыр қалаларында, Бөріжар, Ханқорған, Ошақты, «Үңгірлі» қорымында зерттеу жұмыстарына қатысып келеді.
Көп жылдар бойы Шымкент Педагогика институтының археология экспедициясымен бірлесіп Ордабасы ауданы Сарыарық ауылында орналасқан Күлтөбе, Қылышжар қорымдарындағы қазбаларына қатысады.
Археология қорындағы жәдігерледі қалпына келтіру жұмыстарын жүргізеді. консервация, қайта қалпына келтіру жұмыстарын қамтиды.
Өлкеміздің тарихын насихаттау мақсатында көптеген археологиялық көрмелер ұйымдастырып, ғылыми конференцияларға қатысады.
Этнография бөлімі
Бөлім қызметкерлері жинақтау және ғылыми зерттеу, құжаттау жұмыстарымен айналысады. Атап айтар болсақ, көне, ортағасырлық, жаңа және қазіргі заманға қатысты түрлі жәдігерлермен, өнердегі ұлы тұлғалар және халқымыздың дара перзенттерінің ғылымда, өнерде қол жеткізген табыстарымен және түрлі тарихи құнды деректермен толықтырады. Сонымен қатар,бүгінде көне жәдігерлерден бөлек еліміздің үдемелі индустриялық-инновациялық дамуының 2010-2014 жылдарға арналған мемлекеттік бағдарламасы аясында іске қосылған заманауи технологиялармен қамтылған өндірістік және өнеркәсіп мекемелері жайлы материалдар жинақтайды.
Экспозиция және көрмені жабдықтау бөлімі
Бөлім қызметкерлері мұражай экспозициясы мен көрме жұмыстарының концепциясын құрастырып, экспозицияны жаңғырту, толықтыру жұмыстарымен айналысады. Атаулы күндер, тарихи тұлғаларға қатысты және т.б. тақырыптардағы көрмелердің ғылыми концепциясын дайындап жылдық жоспарға сәйкес мұражайдың көрме залында және жылжымалы көрмелер жабдықталуын ұйымдастырып жасақтайды.
Кітапхана
Кітапхана баспасөз шығармаларын жинау, сақтау, насихаттау, оқырмандарға баспасөз шығармаларын берумен, мәдени ағартушылық және ғылыми-көпшілік жұмыстармен шұғылданады.
Кітапхана атқаратын міндетіне, кітап қорына қарай көпшілік және ғылыми-арнаулы кітапхана болып бөлінеді. Мұражай ғылыми-зерттеу орталығы болғандықтан, мамандандырылған кітапхана қызметі мұражайға келуші зерттеушілерге қажетті мәліметтерді беру және ғылыми, рухани, мәдени білім қалыптасуына септігін тигізу болып табылады.
Кітапхана қорында қазіргі таңда 6500-ға жуық кітап қоры бар. Кітапхана қорының кітаптары негізгі бөлімдерге бөлініп топтастырылған. Олардың қатарында көпшілікке мол мәлімет беретін Қазақстан тарихы, әлем тарихы, музейтану, табиғат, археология, нумизматика, этнография, қолөнер, архитектура, ботаника, фольклор салаларының кітаптары жинақталған.
Кітапхана қорында Халықаралық деңгейдегі «Музей» және «Мир музея» журналдарының, сондай-ақ жергілікті және республикалық көлемдегі басылымдар (газет, журналдар) жинақталған.
Мұражайға келіп ғылыми ағартушылықпен, ізденіспен айналысушыларға мұражай кітапханасының қоры мол тарихи-мәдени мәліметтер бере алады.