На сегодняшний день у музея 8 филиалов:
- в Шымкенте — «Ерлік», «Хакім Абай»
- Туркестане — литературно-культурный музей имени С. Ерубаева
- в сельском округе Туркестана Еки-Икан — литературно-мемориальный музей имени Миртемира
- в районе Сайрама — историко-краеведческий музей «Сайрам»
- в районе Тюлькубас — историко-краеведческий музей имени Турара Рыскулова
- в Сарыагаше и Шардаре — историко-краеведческие музеи